在VMP的VM运行过程中，各个寄存器的基本用途是：EBP和EDI是VM堆栈指针（不是常规的堆栈）；ESI是伪指令指针（相当于常规的EIP）；EAX是VM解密数据的主运算寄存器；EBX是VM解密数据的辅运算寄存器；ECX是常规的循环计数器；ESP是常规的堆栈栈顶指针。EDX是读取伪指令表数据；

EDI、EBP分别指向VM堆栈的上下限位置，EBP指向堆栈的下限并向上发展，EDI指向堆栈的上限并使用[EDI+EAX]的方式向下发展；ESI指向的内存块里包括要执行的伪指令序列，而不同的是，当VM要是使用到立即数时，也是从ESI读取。可见ESI内存块里面是精心构建的数据块，只有VM自身执行过程中，才能知道下一个数据是代表伪指令还是立即数；在VM运算中EAX寄存器很多时候通常只有AL参与运算然后在存取时再以AX或EAX得方式存取；EBX在很多加密数据运算中，都会参与到EAX值的计算中，协助运算中正确的值。而每次EAX的值运算结束后，反过来会计算好下一次运算中EBX的值。所以EBX的数据一旦出错，下一个数据解密必然错误；在VM运行中，通常一切操作都是在VM堆栈内完成的，所以绝大多数情况下对ESP的操作都是花指令或junk code。在一些虚拟与现实（比如说调用系统函数）交接的地方，系统并不知道VM堆栈的存在，这就需要把数据（比如系统函数的调用参数）移动到常规ESP栈顶。EDX是一个较少使用的寄存器，只在一些解密循环里面参与运算。而它的一个主要的运用是在DISPATCH部件里，根据ESI的值来获取DispatchTable的数据，让VM执行下一条伪指令。